A Secretaria da Saúde da Bahia seguirá, integralmente, a deliberação do Plano Nacional de Imunização (PNI) do Ministério da Saúde, na qual, a partir da segunda quinzena de setembro, serão distribuídas doses de reforço e reduzido o intervalo entre as doses da Pfizer e AstraZeneca. A ação será destinada a todos os indivíduos imunossuprimidos após 28 dias da segunda dose e para pessoas acima de 70 anos vacinadas há 6 meses.
A imunização deverá ser feita, preferencialmente, com uma dose da Pfizer, ou de maneira alternativa, com a vacina de vetor viral da Janssen ou da AstraZeneca. Também a partir do próximo mês, o intervalo entre as doses da Pfizer e AstraZeneca passará de 12 para 8 semanas para toda a população.
Estas mudanças não interferem na logística de distribuição do estado para os municípios. A dose de reforço está estimada para um público superior a 950 mil baianos.
Para além disso, o Governo da Bahia entrou na Justiça para requerer mais de 1 milhão de doses da vacina contra a Covid-19 que não foram entregues pelo Governo Federal, tendo como critério o percentual populacional. Esse déficit tem prejudicado o ritmo da vacinação no estado, com diversos municípios aplicando a primeira dose em faixas etárias acima de 25 anos. Outras unidades da federação a exemplo de São Paulo, Rio de Janeiro e Rio Grande do Sul receberam, respectivamente, 2,1 milhões, 1,1 milhão e 1,1 milhão de doses a mais do que o percentual populacional. 
